Jmol的select命令

类别:    标签: jmol   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

2013-06-24 08:54:31

Jmol是我经常使用的一款分子结构查看软件, 其原因主要有下面几点:

  1. 默认显示的图形看着比较舒服, 中我的意
  2. 旋转, 缩放, 测量, 播放等基本功能使用符合习惯, 比较方便
  3. 脚本等高级功能也很强大, 虽然我用到的不是很多

最近需要使用Jmol的选择命令select, 所以就参考Jmol手册粗略翻译了一下相关文档, 以供参考.

Select

语法

范例

[atom expressions]原子表达式

原子常用性质简表
原子性质 Select xxx=y Label %[xxx] label %x Print {*}.xxx {*}.xxx=y 说明
atomIndex 原子索引号 Yes yes D yes 始于0, 每个载入原子唯一
atomno 原子序号 Yes yes i yes 可用"@", 如select @33
atomName Yes yes a yes yes 原子名称
atomType原子类型 Yes yes B yes yes mol2,AMBER文件原子名称(其他文件)
atomX/Y/Z Yes yes x/y/z yes yes 直角坐标xyz
bondcount Yes yes yes 共价键数目
Element元素符号, 其值取决于上下文 Yes yes e yes yes structure=x中, x可为"H", "He"之类或原子序数,其他情形, 为元素符号, 同位素使用如"13C"
elemno Yes yes l(el) yes yes 原子序数

Select这个命令确实很复杂, 这是因为要Jmol想尽量满足使用者的需要. 但即便功能如此繁多, 也不能可能满足所有人的需要, 每个使用者都有着自己的需要, 因此功能是很难统一化的. 目前的大多数选项都是针对PDB文件的, 以便用于生物分子的查看. 但是于我而言, 平时很少使用PDB文件, 最多的是xyz文件和cif文件. 为了方便, 特列出最常用的几个命令:

注意

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