石墨烯在线创建工具

类别:    标签: 编程 js   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

前几天的一篇博文中分享了一个在线的八面体创建工具, 很多人看了之后觉得很有用. 我今天再分享一个自己的小工具, 可用于创建简单的石墨烯构型. 方法的原理请参考以前的一篇博文石墨烯-建模-几何性质及力场模拟.

如果此工具对你的工作有所帮助, 请引用我的相关论文:

Jicun Li, Feng Wang; J. Chem. Phys. 146(5):054702, 2017; 10.1063/1.4974921; Water graphene contact surface investigated by pairwise potentials from force-matching PAW-PBE with dispersion correction.


尺度(基本单元): 长      宽 (设为0时会根据长度自动计算, 生成尽可能正方的构型)
孔洞半径(Å):      单元C-C键长(Å):
孔洞中心点位置: 原子 键中点 碳环中心
竖直(Z方向)波动周期数:   X方向      Y方向      波动振幅(Å)
坐标随机涨落振幅(Å):      X方向      Y方向      Z方向


GROMACS构型文件(gro)
结构
视图: 投影正交
模型: 球棍范德华球棍状线框线型
超晶胞: X   Y   Z   
左键: 转动   滚轮: 缩放   双击: 开关自动旋转   Alt+左键: 移动
GROMACS拓扑文件(itp)
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