力场与拓扑之二:如何选择力场

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2015-12-08 22:27:19

待补充, 参考Sobereva力场瞎总结, 磷脂膜模拟的力场瞎总结.

性能

模拟有机小分子热力学性质用Charmm generalized >= OPLS-AA >= GAFF,但实际上GAFF已经很好了。它们计算各种有机分子的密度、蒸发焓都很准确,但是介电常数、等温压缩系数计算得都一般。GAFF对于带有硝基的分子不好。OPLS和GAFF对于苯甲醛、甲酸,以及有两个及以上Br或Cl相距较近的情况都不好。

对蛋白质构象的模拟: ff99SB+ildn+nmr > CHARMM27 >OPLS »f99。


材料力场

普适力场

反应力场

专业小分子力场

大分子力场

水模型

不一定水模型是力场御用的就一定比用其它的水好。对于非极化的水,TIP4P-EW是最好的。对于可极化的水,AOMEBA是最好的。

金属

磷脂膜模拟的力场

Lipidbook汇总了各种膜力场的参数:http://lipidbook.bioch.ox.ac.uk

ATB带了几十种兼容gromos96的膜参数(可能对应的gromos96版本不同),ATB也能自动生成新的磷脂的参数。ATB网址和gmx的拓扑文件:http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/

测试总结(http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/blog/269-jungle2):slipid最好,CHARMM36其次,berger很好,Kukol和poger说得过去,后者貌似相对略好。磷脂平均表面积、平均体积、头部集团距离都很容易算准,所有膜力场都没问题,但扩散能力、等热表面可压缩率大多膜力场难以算准。值得一提的是,一种膜力场当中,某种磷脂算得好绝不代表另外磷脂就算得好。

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