力场与拓扑之三:GROMACS力场及拓扑文件说明

类别:    标签: gmx   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

2015-12-08 22:43:26

GROMACS所带的力场

安装后, GROMACS自带的力场文件放于GROMACS主目录/share/gromacs/top(对安装文件放于GROMACS主目录/share/top). 以GROMACS 5.1.1安装文件为例, 打开这个目录, 可以看到文件夹下有许多以.ff结尾的目录, 那就是各个力场的目录.

GROMACS自带了四类力场: AMBER, CHARMM, GROMOS, OPLS-AA, 其中的AMBER和GROMOS还有不同的版本. 以amber99sb-ildn.ff为例, 进入这个目录, 可以看到这个力场包含的所有文件:

在上面的图中, 我对每个文件进行了简单的注释说明, 以帮助大家理解.

其他力场目录的结构与此类似, 只不过文件有些不同, 比如GROMOS力场

以及OPLS-AA力场

GROMACS拓扑文件说明

下面我们以几个具体的分子为例讲解下GROMACS拓扑文件的结构. 待补充

有关不同力场中决定参数的具体说明, 请参考Soberevagromacs决定力场参数的方式.

AMBER力场拓扑文件

..\gromacs-5.1.1\share\top\amber99sb-ildn.ff\urea.itp

GROMOS力场拓扑文件

..\gromacs-5.1.1\share\top\gromos54a7.ff\dppc.itp

OPLS-AA力场拓扑文件

..\gromacs-5.1.1\share\top\oplsaa.ff\methanol.itp

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