Martini粗粒化力场使用手册:4 实例教程

类别:    标签: gmx martini   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

总论

本教程练习旨在帮助你熟悉如何使用GROMACS进行基础或更高级的粗粒化模拟, 主要针对半经验的MARTINI模型. 教程假定你已熟悉GROMACS的使用; 对于如何使用GROMACS, 具体力场以及运行参数等的说明, 我们建议你参考GROMACS用户手册及其官网. 我们的网上有一个很棒的GROMACS教程 http://md.chem.rug.nl/~mdcourse/index.html

不知该从何处下手吗? 可以试试我们的Martini流程图.

本教程按照历史轨迹, 从脂类MARTINI模型开始, 随后描述如何进行蛋白质(和多肽)模拟, 弹性网络与MARTINI的结合(EINeDyn), 并以更高级的主题结束, 如逆映射(即将粗粒化模型还原为更精细的结构), 极化水模型, 粗粒化结构的可视化. 练习材料可以随时使用, 时间随意, 而完成练习的速度主要依赖于计算设备的性能, 你的GROMACS技能, 以及你思考这一过程的时间. 教程的整体架构是模块化的, 但根据你的个人兴趣, 你也可以改变练习的顺序. 对一些耗时较长的模拟, 你可以让程序整晚运行, 到第二天早上再查看结果, 或者使用”预先准备好”可供下载的中间文档和结果文档.

本教程最早由Lars Schafer, Andrzej Rzepiela和Martti Louhivuori为2008年在赫尔辛基举办的MARTINI冬季学校而准备, 随后Clement Arnarez, Alex de Vries和 Djurre de Jong为2011年的CECAM粗粒化讲习班更新, 第三次由Clement Arnarez, Helgi Ingólfsson, Manuel Nuno Melo和Jaakko Uusitalo为在卡尔加里大学举办的第二届分子模拟暑期学校而更新.

流程图

点击打开Martini流程图.

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