GROMACS的耗散粒子动力学DPD模拟

• 2018-02-25 22:57:43

当前最新版本的GROMACS(2018)不支持DPD模拟, 如果非要寻求基于GROMACS的解决方案, 大致有两种:

1. 使用dpdmacs. 它其实是一个独立的程序, 但使用的输入文件格式与GROMACS一致, 输出轨迹格式也一致, 有GROMACS基础的话非常容易上手使用. 但支持的相互作用的函数形式只有简谐势, 如果有其他函数形式, 需要自己改代码. 该程序未见在论文中使用. 目前网上能找到的版本有两个: 2005年的原始版本, 2011年的改进版本. 前一版本使用传统的configur, make方式编译安装, 后一版本改为cmake方式编译安装, 并增加了重启计算功能, 删除了一些测试代码.
2. GROMACS 4.0.7版本的DPD补丁, 此补丁未被GROMACS整合, 但仍能在网上找到.

虽然也能找到一些类似DPD的文章, 但目前GROMACS对实现DPD并不热衷. 我觉得主要原因在于目前大多以粗粒化方式代替DPD, 效果可能更好. 但考虑到GROMACS的应用领域, 最好还是能实现一个DPD热浴, 以方便使用.

网络资料

• DPD in Groamcs
• DPD Thermostat
• DPD thermostat
• stochastic dynamics, langevin
• DPDmacs学习笔记之一-安装