GROMACS轨迹分析框架(gmx2018.2)

类别:    标签: gmx   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

GROMACS提供一种能够实现进行灵活轨迹分析的框架. 这个框架由几个组件组成, 这些组件可以单独使用, 但是在大多数情况下, 最好使用所有组件的功能来充分利用这个框架. 该框架主要的特点如下:

此外也有一些可重复使用的程序可以独立于此框架使用:

关于快速学习如何使用该框架实现分析工具, 请参阅编写轨迹分析工具的示例代码.

高级框架

轨迹分析框架(轨迹分析)模块提供了将所有部分集成在一起的高级框架. 它为分析工具模块(gmx::TrajectoryAnalysisModule轨迹分析模块)提供抽象基类, 并为运行这样一个模块作为命令行工具(gmx::TrajectoryAnalysisCommandLineRunner轨迹分析命令行转换器)提供了代码. 有关更多详细信息, 请参阅分析模板轨迹分析模块文档.

选择

分析选择的分析和评估(选择)模块提供对选择的支持. 管理选择的大部分工作由命令行运行程序和框架完成, 分析工具代码只有两个大类:

选择引擎的概念性概述可在单独的页面上找到:动态选择. 在完整的内部文档中, 此页面还提供了选择实现的概述.

选择模块文档中还提供了选择引擎的更多技术细节. 这对于理解选择的详细工作方式或者是否要在轨迹分析框架之外使用选择代码非常有用.

在分析工具中选择模块还提供进行邻域搜索的功能. 对于全3D周期边界条件的最常见情况, 可实现基于网格的搜索. 有关详细信息, 请参阅gmx::AnalysisNeighborhood分析邻域. 此类可以独立于其他选择功能使用.

输出数据处理

输出数据的可并行化处理(分析数据)模块提供了两件事:

基本概念更详细地解释在一个单独的页面:分析输出数据处理. 分析数据模块文档提供了更多的技术细节.

输入选项

使用选项的可扩展处理(选项)模块来声明工具的输入数据(通常是命令行选项, 包括输入文件和选择). 分析工具代码为其初始化方法接收gmx::IOptionsContainer选项容器的实例之一, 并使用它来提供其输入选项. 在basicoptions.h中声明了基本选项, gmx::SelectionOption选择选项也以相同的方式使用. 对于每个选项, 该工具声明一个将接收该选项值的局部变量. 在选项从命令行解析之后(通过框架), 工具代码就可以从局部变量中读值. 填充到gmx::IOptionsContainer选项容器对象中的选项声明也用于向用户提供帮助(也由框架处理). 有关更多详细信息, 请参阅gmx::TrajectoryAnalysisModule轨迹分析模块文档和选项模块文档.

随意赞赏

微信

支付宝
◆本文地址: , 转载请注明◆
◆评论问题: https://jerkwin.herokuapp.com/category/3/博客, 欢迎留言◆


前一篇: AMBER高级教程A15:室温离子液体
后一篇: GROMACS编写轨迹分析工具的示例代码(gmx2018.2)

访问人次(2015年7月 9日起): | 最后更新: 2018-07-12 01:40:45 UTC | 版权所有 © 2008 - 2018 Jerkwin