GROMACS文件类型(名称排序)

类别:    标签: gmx   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

dat

edi

edo

edr

系统能量文件, 记录模拟输入文件中定义的能量组的各种相互作用能量等.

ene

eps

封装ps文件格式, 并不是GROMACS自身文件格式, 可以当图片打开. LINUX系统下一般已经有默认打开程序, WINDOWS下要安装其他打开程序. GROMACS的DSSP和罗麽占陀罗图等通过xpm2ps处理后都是这个文件格式.

g96

分子坐标文件. GROMOS96程序的分子坐标文件, 模拟程序以15.9的C语言格式写入, 精度较高, 但是会比较大. 包含有文件头, 时间步, 原子坐标, 原子速度, 以及盒子信息等.

gro

分子坐标文件. GROMACS最主要的分子坐标文件, 只记录原子坐标和速. 该文件类型的各个文本列字数固定, C语言的写入格式为:

"%5d%5s%5s%5d%8.3f%8.3f%8.3f%8.4f%8.4f%8.4f"

具体固定文本列有:

itp

分子拓扑文件, 被主拓扑文件包含的分子拓扑文件, 一般包含某个特定的分子类型. 与主拓扑文件的区别在于它不引用其他力场文件, 同时包含[ system ], [ molecule ]等拓扑段.

log

m2p

xpm2ps程序的配置文件, 定义输出eps文件中颜色, 字体种类及大小等.

map

mdp

GROMACS模拟的配置文件, 所含定义较多, 各关键字的含义可以查阅GROMACS手册, 以明白各关键字的含义.

mtx

ndx

原子索引文件, 含原子的序号, 当使用make_ndx程序生成索引文件时, 可以定义不同的原子组, 每组名下即是该组所含各个原子的序号.

out

pdb

rtp

残基力场参数文件, 包含常见残基的力场信息, 包括残基所含原子, 成键种类等. 使用pdb2gmx处理PDB文件时, 程序按照PDB文件信息, 在rtp文件中寻找对应的残基力场信息.

tex

tng

top

模拟体系的拓扑文件, 一般还会引用其他力场文件(#include). top文件一般由pdb2gmx产生.

tpa

tpb

tpr

模拟打包文件, 打包模拟需要的各种信息, 包括模拟体系, 模拟控制等.

trj

全精度轨迹文件, 包含模拟体系各个时间下的原子坐标, 速度和受力等. 所含帧数频率由mdp文件控制, 文件较大.

trr

xpm

数据矩阵文件, 矩阵中每个值为矩阵点所表示的物理量大小(也可以是逻辑值). 该文件其实就是二维图, 可以使用xpm2ps转换为图片.

xtc

模拟轨迹低精度文件, 文件较trrtrj小, 为常用的分析文件. 包含模拟体系中原子坐标, 模拟时间和模拟盒子信息等.

xvg

二维图表文件. 二维画图工具xmgrace的默认文件, 可以使用xmgrace打开.

随意赞赏

微信

支付宝
◆本文地址: , 转载请注明◆
◆评论问题: https://jerkwin.herokuapp.com/category/3/博客, 欢迎留言◆


前一篇: 
后一篇: 

访问人次(2015年7月 9日起): | 最后更新: 2017-09-26 07:50:25 UTC | 版权所有 © 2008 - 2017 Jerkwin