GROMACS教程:GROMACS入门

类别:    标签: gmx   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

介绍

在本章中, 我们假定读者熟悉分子动力学, 熟悉Unix的基本使用, 包括使用文本编辑器, 如jot, emacsvi. 我们还假定系统上已正确安装了GROMACS软件. 当你看到这样一行

ls -l

你应该在你的计算机上输入行中的内容.

设置环境

为了检查你是否能使用GROMACS软件, 请输入以下命令:

mdrun -version

该命令应打印出已安装的Gromacs的版本信息. 如果返回的是

mdrun: command not found.

那么你必须确认GROMACS安装的位置. 默认情况下, GROMACS的应用程序位于‘/usr/local/gromacs/bin’. 但是, 你可以咨询机器的系统管理员了解更多信息. 如果假定GROMACS的安装目录为XXX, 你会在XXX/bin目录中找到可执行文件(程序). 为了能够使用这些程序, 你必须编辑所用shell的登录文件. 如果你使用C shell, 此文件被称为.cshrc.tcshrc, 位于你的home目录. 在此文件中添加下面的内容:

`source XXX/bin/GMXRC`

并在提示符下执行此命令, 或退出并再次登录系统以便自动使设置生效. 现在应该已经设置了环境变量GMXDATA, 我们以后会用到它. 让我们检查是否已经设置成功, 执行:

echo $GMXDATA

如果输出了你设置的目录名, 就成功了. 否则的话, 重复上面的步骤.

GROMACS文件

下面是你将在教程中遇到的最重要的GROMACS文件类型的简要说明.

一旦准备好了运行输入文件, 我们就可以开始进行模拟了. 启动模拟的程序被称为gmx mdrun, 它需要的唯一输入文件是运行输入文件(.tpr文件). gmx mdrun的输出文件是轨迹文件(.trr文件, 或.trj, 如果你没有XDR的话)和日志文件(.log文件).

更多信息请参考下面的使用流程(以快速了解)和GROMACS常见问题.

参考

  1. Berendsen, H.J.C., Postma, J.P.M., van Gunsteren, W.F., Hermans, J. (1981)
    Intermolecular Forces, chapter Interaction models for water in relation to protein hydration, pp 331–342. Dordrecht: D. Reidel Publishing Company Dordrecht
  2. Kabsch, W., Sander, C. (1983).
    Dictionary of protein secondary structure: Pattern recognition of hydrogen-bonded and geometrical features. Biopolymers 22, 2577–2637.
  3. Mierke, D.F., Kessler, H. (1991).
    Molecular dynamics with dimethyl sulfoxide as a solvent. Conformation of a cyclic hexapeptide. J. Am. Chem. Soc. 113, 9446.
  4. Stryer, L. (1988).
    Biochemistry vol. 1, p. 211. New York: Freeman, 3 edition.
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