Jerkwin2020-07-20T13:23:09+00:00 Jerkwin
使用xpm2all脚本计算蛋白二级结构演化及含量2020-07-10T00:00:00+00:00 Jerkwin https://jerkwin.github.io/2020/07/10/使用xpm2all脚本计算蛋白二级结构演化及含量 <![CDATA[
  • 2020-07-10 10:48:47

点击任意一张图片, 开启播放效果.

确保系统可以在命令行中使用bash. 我使用的是<code>msys64</code>. 下载最新脚本<a href="https://jerkwin.github.io/gmxtool/">xpm2all.bsh</a>, 测试文件<a href="https://jerkwin.github.io/gmxtool/">ss.xpm</a> 执行<code>bash xpm2all.bsh</code>, 应当输出使用说明 执行<code>bash xpm2all.bsh ss.xpm -gpl 1 100</code>, 计算残基1到100的相关数据, 得到二级结构演化数据<code>ss~.gpl</code>, 二级结构含量数据<code>ss~count.xvg</code> 使用<code>gnuplot</code>运行<code>ss~.gpl</code>, 得到二级结构演化图 使用<code>gnuplot</code>绘制<code>ss~count.xvg</code>, 得到二级结构含量图 图例等还不够完美, 你自己修正修正吧.

]]>
分子模拟周刊:第 26 期2020-07-04T00:00:00+00:00 Jerkwin https://jerkwin.github.io/2020/07/04/分子模拟周刊:第_26_期 <![CDATA[
  • 2020-07-03 22:12:03

每周杂记: 回不去了

夏至已过, 独立日也到了. 仿佛转了一个身, 2020年就已经过去一半.

站在年中回望, 21世纪的第2个十年从一开始就预示了它的不凡, 各种纷至沓来, 让人无所适从. 这真是大变化的一年. 无论幸运抑或不幸, 每个人都实实在在地经历着煎熬. 这其中的多少故事, 或喜或悲, 我猜以后定会出现在我们的记忆中, 书写中, 绘制中, 拍摄中.

前几年的独立日, 我们可以一起去看烟花. 孩子是最喜欢的, 虽然她更喜欢把它们称为烟炮, 因为那会发出很大的响声, 让她有些怕, 眼里却舍不得那些转瞬即逝的美丽. 今年是没有机会再看到那些了. 烟花无疑是脆弱的, 无法帮我们赶走病毒.

这些种种的变化, 或大或小, 都会给我们留下生命的印记, 让我记起 半生缘 中的一段:

曼桢道:“世钧。”她的声音也在颤抖。世钧没作声,等着她说下去,自己根本哽住了没法开口。曼桢半晌方道:“世钧,我们回不去了。”他知道这是真话,听见了也还是一样震动。

是的, 世事无常, 变化永恒, 既然再也无法回去, 那就坦然拥抱, 负重前行吧.

资源工具

1. Visual Force Field Derivation Toolkit (VFFDT)

这几天试着处理金属配合物的力场, 发现并没有太简单的方法. amber的MCPB是个比较常用的工具, 但没有经验也不容易. 这个工具好在是独立的, 还带有图形界面, 试试总是好的.

2. PID控制器的曲线

在网上闲逛的时候, 偶然看到PID控制器曲线, 一股熟悉的味道扑面而来. 这不是和径向分布函数RDF一样么? 可以用这个曲线来拟合RDF, 还是可以用这个曲线的理论来解读RDF? 再深入看了下才发现, 这个曲线是有物理意义的, 但对应的方程是个微分积分方程, 只能数值求解, 没法得到解析表达式. 至于能不能用于解释RDF曲线, 那还要多想.

曲线参数的含义可以参考如何通俗地解释 PID 参数整定?, 曲线计算的代码可以参考已知微分方程或传递函数的PID控制器设计.

3. 声音波形图展示wavesurfer.js

如果需要在网页上显示声音的波形图和频谱图, 可以试试这个工具. 对应的网上资料很多, 示例教程也很多, 可以很快就用上.

论文采风

学艺术和建筑的, 经常要外出采风和写生. 做科研的也同样需要, 只不过换成了阅读文献和查看问题. 阅读别人的论文其实就是采风, 而尝试解决别人提出的问题, 就是写生了.

1. New AMBER force field parameters of heme iron for cytochrome P450s determined by quantum chemical calculations of simplified models

很老的一种金属配位参数做法.

2. VFFDT: A New Software for Preparing AMBER Force Field Parameters for Metal-Containing Molecular Systems

前面推荐工具的原始论文, 对背后作法的说明.

3. MCPB.py: A Python Based Metal Center Parameter Builder

amber的MCPB.py的原始论文, 附带的支撑材料中有两个示例, 可用于学习如何使用. 网上还有一个辅助脚本prep-mcpb.py, 可用于生成MCPB.py需要的输入文件.

4. The complex of ferric-enterobactin with its transporter from Pseudomonas aeruginosa suggests a two-site model

这篇2019自然通讯上的文章用MPCB.py处理的金属蛋白, 可以参考, 或作为文章引用.

问题写生

opls可以用于蛋白么?

opls的名字就标识了它关注的是小分子溶液, 不是蛋白, 虽然它的原子类型有部分和amber一致, 但是amber的旧版本参数, 现在也不再发展了. 这就是为什么蛋白质之类的建议用amber的原因, 因为amber力场参数一直在修正, 出新版本, 但oplss采用的amber力场参数却不再更新. 至于charmm和amber用哪个, 不好说, 很大程度上是站队的问题, 看你那个方向的文章用哪个就跟着用吧, 只要审稿人没意见就好

在对接的时候,活性口袋中的结合水可以删除吗?因为他占据在活性口袋内(或附近)肯定对对接结果有影响的。

蛋白里有些结晶水很重要,去掉后结构就容易变,模拟很久都不一定变得回来。此外,程序加的水需要模拟很久才有可能让蛋白达到正确结构。对于对接得到的新复合物结构,要是不小心处理的话,判断结构模拟是否真的平衡、合理就变得非常非常困难了。虽然不是每个结晶水都这么重要,但你不知道哪个结晶水这么重要,只能尽可能保留。对结晶水的处理虽然麻烦,但是能避免以后更大的麻烦。

轨迹的保存频率怎么确定?

保存频率要根据你要分析的东西来, 不同体系不同目的设置的频率是不一样的, 一般是保存的时间间隔至少要是你关心性质的最快运动周期的1/2, 1/5或1/10, 再大了就无法分析那种运动了. 对蛋白而言, 不同的运动模式有不同的时间尺度, 我的ppt上有个大致的图, 可以参考. 至于文件过大, 我一般是这么做到, xtc频率稍高些, trr要低, 因为trr中含有速度和力, 可用于重启计算, 这样如果中途断了的话, 可以用trr重启, 或者你发现xtc的频率不够, 也可以将trr中的对应部分提取出来, 重新跑一段, 这样就不至于要完全从头重跑

往期回顾

图文专辑 分子模拟周刊

订阅投稿

本周刊记录我每周所读所思, 并自觉值得与大家分享的内容.

本周刊同步更新在我的网络日志 哲·科·文 和微信公众号 分子模拟之道.

如果你觉得我的分享对你有益, 不妨将它推荐给你认识的人.

如果你也认同分享的理念, 欢迎投稿或推荐自己的内容. 请关注微信公众号后台留言, 或加入QQ群联系.

]]>

访问人次(2015年7月 9日起): | 最后更新: 2020-07-20 13:23:09 UTC | 版权所有 © 2008 - 2020 Jerkwin