Martini流程图
你有一个(生物)分子体系
想使用粗粒化方法进行模拟?
是
|
否
你的体系中是否含有
蛋白质/多肽?
是
|
否
你的体系中是否含有脂质
(可能还有胆固醇)?
是
|
否
你的体系中是否含有:
糖Sugars
:
Lopez
et al.
(2009)
聚合物Polymers
:
Lee
et al.
(2009)
DNA
:
Uusitalo
et al.
(2015)
...
检查
此页面
获取更多已参数化
化合物的列表.
是
|
不
|
... 否 其他!
没有这些分子的Martini.
参考
recipe in the FAQ
或
此教程
看看如何创建参数.
呀, 该做的都做了
无法提供帮助
再会!
你可能需要对
蛋白质的二级结构
进行约束.
静电相互作用
可能很重要?
是
|
否
使用正常的Martini水模型以及
forcefields labelled 2.0, 2.1 or 2.2
.
使用极化水模型以及
forcefields labelled 2.P or 2.2P
.
你可以使用
martinize.py
脚本
来创建蛋白质的拓扑.
顺利完成.
体系中
只
含有简单的脂质
(如DPPC, DOPE, POPC, 等.), 或胆固醇?
是
|
否
体系中含有
糖脂类glycolipids?
是
|
否
体系中含有
鞘脂类sphingolipids?
是
|
否
你可以使用
insane.py
脚本
来构建体系.
很简单, 对不对?
参考
Monticelli
et al.
(2008)
以及
de Jong
et al.
(2013)
参考
Yesylevskyy
et al.
(2010)
参考
Marrink
et al.
(2007)
参考
Lopez
et al.
(2013)
参考
Lopez
et al.
(in preparation)
参考
Periole
et al.
(2009)