gmxtool

scripts/programs/utilities/tools for GROMACS

Introduction

This is a collection of the tools I used for GROMACS. Hope it helps for you as well.

Tools

名称
NAME
说明
INSTRUCTION
代码
CODE
示例
EXAMPLE
calc 在线计算兼单位换算器 calc N/A
wvmd 自动调整VMD窗口的位置和大小 wvmd.zip N/A
graphene 石墨烯:建模, 几何性质及力场模拟
石墨烯在线创建工具
创建周期性体系的拓扑文件:以石墨烯为例
氧化石墨烯的结构与建模
石墨烯平面的卷曲与扭曲
graphene N/A
pipistack Pi-Pi堆积距离和堆积角度的计算 pipistack.tcl
pipistack_linalg.tcl
ph2.zip
fitmol README FitMol.f90 ch4.xyz
ch4_ch3oh.xyz
xpm2all xpm文件处理脚本
xpm2all: xpm文件转换工具
使用xpm2all脚本计算蛋白二级结构演化及含量
xpm2all更新:二级结构绘制, 颜色方案
xpm2all.bsh
xpm2rgb.bat
ss.xpm
gibbs.xpm
gmx_mmpbsa gmx_mmpbsa使用说明
gmx_mmpbsa脚本更新:屏蔽效应与熵贡献
gmx_mmpbsa.bsh 1ebz.zip
gmx_ir 使用GROMACS计算红外光谱 gmx_ir.bsh N/A

Questions?

If you have any quesiotns about these tools, please let me know.