拼接分子的简单脚本

usage="\
>>>>>>>>>>>>>>>>     comMol    <<<<<<<<<<<<<<<<
>>>>>>>>>>>>>>>>    Jicun Li   <<<<<<<<<<<<<<<<
>>>>>>>>>>     2017-08-27 09:02:30     <<<<<<<<
>>Usage:  commol File.xyz #head #tail #mol"

[[ $# -lt 1 ]] && { echo "$usage"; exit; }

fxyz=$1 # 分子单体xyz文件名称
head=$2 # 头原子编号, 从1开始
tail=$3 # 尾原子编号, 从1开始
n=$4    # 拼接数目(聚合度)

fxyz=${fxyz%.xyz}.xyz    # 去除输入文件扩展名
fout=${fxyz%.xyz}~$n.xyz # 输出文件名称

awk -v head=$head -v tail=$tail -v n=$n '
NF>0 {	Natm=$1 # 原子数目
	getline Tips
	for(i=1; i<=Natm; i++) {
		getline # 单体中每个原子的原子类型, xyz坐标
		Satm[i]=$1; Xatm[i]=$2; Yatm[i]=$3; Zatm[i]=$4
	}

	for(i=1; i<=n; i++) {        # 片段数目
		for(j=1; j<=Natm; j++) { # 原子编号
			s[i,j]=Satm[j]       # i片段中j原子的原子类型
			x[i,j]=Xatm[j]       # 和初始坐标与单体相同
			y[i,j]=Yatm[j]
			z[i,j]=Zatm[j]
		}
	}
	print (Natm-2)*n+2       # 拼接后聚合物的原子数目
	print Tips, head, tail, n # 拼接信息

	for(i=1; i<=n; i++) {
		if(i>1) { # 非首端分子单体平移距离
			dx=x[i,head]-x[i-1,tail]
			dy=y[i,head]-y[i-1,tail]
			dz=z[i,head]-z[i-1,tail]
		}
		for(j=1; j<=Natm; j++) {
			x[i,j] -= dx
			y[i,j] -= dy
			z[i,j] -= dz
			# 首端分子单体不输出尾原子
			# 末端分子单体不输出头原子
			# 中间分子单体不输出头尾原子
			if( (i==1 && j!=tail) \
			  ||(i==n && j!=head) \
			  ||(i!=1 && i!=n && j!=head && j!=tail) ) \
				printf "%3s %12.6f%12.6f%12.6f\n", s[i,j], x[i,j], y[i,j], z[i,j]
		}
	}
}
' $fxyz > $fout

24
Tips
 C   -2.25735638   -0.11936983   -0.24914958
 C   -0.73984978   -0.32271456   -0.08354569
 Cl  -2.37768477    0.47589194   -0.30646016
 H   -2.59326436   -0.63693340   -1.12333136
 H   -2.76475201   -0.50466899    0.61049816
 C   -0.43606989   -1.82550657    0.06114004
 H   -0.23245414    0.06258460   -0.94319342
 H   -0.40394179    0.19484900    0.79063609
 C    1.08143670   -2.02885130    0.22674393
 H   -0.94346553   -2.21080573    0.92078778
 Cl   1.21557328   -2.69242179    0.29063114
 H    1.58883234   -1.64355214   -0.63290380
 H    1.41734469   -1.51128773    1.10092571
 C   -0.91952625   -2.57041114   -1.19702812
 C   -1.34532335   -3.90221323   -1.10257193
 C   -0.93367443   -1.91647220   -2.43641735
 C   -1.78527002   -4.58007592   -2.24750470
 H   -1.33451760   -4.40151122   -0.15627137
 C   -1.37362358   -2.59433407   -3.58134966
 H   -0.60856921   -0.89961164   -2.50853669
 C   -1.79942144   -3.92613591   -3.48689333
 H   -2.11037260   -5.59693736   -2.17538586
 H   -1.38442919   -2.09503612   -4.52765025
 H   -2.13533239   -4.44369848   -4.36107455