- 2020-03-14 00:20:45
刊首语
春天，十个海子全都复活
在光明的景色中
嘲笑这一野蛮而悲伤的海子
你这么长久地沉睡到底是为了什么？
春天，十个海子低低地怒吼
围着你和我跳舞、唱歌
扯乱你的黑头发，骑上你飞奔而去，尘土飞扬
你被劈开的疼痛在大地弥漫
在春天，野蛮而复仇的海子
就剩这一个，最后一个
这是黑夜的儿子，沉浸于冬天，倾心死亡
不能自拔，热爱着空虚而寒冷的乡村
那里的谷物高高堆起，遮住了窗子
它们一半用于一家六口人的嘴，吃和胃
一半用于农业，他们自己繁殖
大风从东吹到西，从北刮到南，无视黑夜和黎明
你所说的曙光究竟是什么意思
1989.3.14.凌晨3点–4点
——海子《春天，十个海子》
今天是圆周率π日. 去年此时我所在的地方已经繁花满树了, 而今年此时, 我所在的地方却才透出春的气息, 风吹到脸上, 也不觉寒.
遥想更多年前, 我所在的校园, 此时应该是最美的季节, 樱花如雪, 游人如织, 诗人吟咏. 而今年此时, 那里的花盛依旧, 游人却不再有, 更没有人写诗, 只剩下樱花在风中飘零, 无有生气.
年年岁岁花相似, 岁岁年年人不同.
而所有的这一切一切, 终归是要过去的吧.
在线讲座第42期
暂定安排
【陈照强】蛋白质口袋的动态特征分析方法发展机器应用研究
【时 间】2020-03-15 周日 晚 20:00-21:00
参与方式
加入QQ群: 132266540(GROMACS/AMBER中文组), 按时上线加入群视频
资源工具
1. AMBER教程手册整理翻译
两年多以前, 我决定把AMBER的教程和手册整理翻译出来. 这个工作的第一个步骤就是校对机器翻译文稿. 断断续续地, 这项工作一直在推进, 有些人来了, 有些人走了. 到今天, 终于完成了这第一步的校对工作. 下面是每部分参与者的名单
教程 手册
intro 李辛雨 1 赵伟臣
A1 陈亚玉 2 赵伟臣
A1 Old 许楠 3 张椰莉, 郭园
A2 席昆 4 李传玺
A3 袁媛 5 王伟
A4 刘丽斌, 周盛福 6 聂荣祖
A5 尹明明 7 徐飞鸿, 刘建川
A6 李玉柱 8 曲鹏涛
A7 李尚 9 赵泽丰
A8 李传舜 10 胡峥
A9 计辰儒 11 杨启帆
A10 刘孝贺 12 吕祥
A11 肖红艳 13 朱宁
A12 吴伟 14 张嘉兴
A13 朱宁 15 伍伦杰
A14 鄢远洋 16 王龙
A15 刘胜堂 17 赵玉
A16 杨瑾阁 18 吴修聪
A17 刘杰 19 王强
A18 张建云 20 王瑞涵
A19 刘凤海 21 张婷婷
A20 赵建果 22 崔禄鹏
A21 于海 23 朱俊亮
A22 陈道兴 24 王珂
A23 肖松 25 刘婷婷
A24 周盛福 26 王栋
A25 李玉柱 27 杨启帆
A26 王小喵 28 王婷婷
A27 赵建果 29 汪萌
A28 王东东 30 朱宁
A29 孙刚羽 31 李菁, 朱宁
A30 樊哲勇 32 吕祥
A31 陈佳林 33 郝杜乐
A32 黄炎 34 于海
A33 惠成功 35 刘玉杰
B0 刘仲奇 36 安源
B1 胡克岐 37 田善思
B2 江志彦 38 杨兵
B3 Cheung 39 刘琳
B4 李睿 40 龙梦飞
B5 康文渊
C0 耿升
C1 席昆
C2 江志彦
C3 席昆
C4 丁小雨
C5 王上
leap 蒋兆景
P0 惠成功
P1 谢勇飞
P2 惠成功
P3 崔畅
P4 张宸翊
P5 肖松
大部分人只完成了一项校对工作, 但下面这些人完成了多项校对工作
朱宁 4
惠成功 3
席昆 3
江志彦 2
李玉柱 2
吕祥 2
肖松 2
杨启帆 2
于海 2
赵建果 2
赵伟臣 2
周盛福 2
让我们感谢所有参与校对的朋友吧. 如果你能看到第一本中文的AMBER手册, 请不要忘记他们的付出.
2. VMD坐标轴绘制脚本
VMD显示分子的时候会给出一个坐标轴, 但原点始终位于画面的左下角, 这在进行一些构型转换的时候不很方便, 因为我们需要坐标轴的原点与分子的原点一致. 按照PyMOL的做法, 写了个VMD的脚本, 可以展示分子的坐标轴.
3. 远程服务器映射软件
自从我知道可以将Linux服务器映射为本地硬盘之后, 就很喜欢这种做法. 最近由于换了系统, 以前所用的远程服务器映射软件ExpanDrive中文版 不再适用了, 就把能找到的这类软件都试用了一遍, 却发现没有一款能满足所有要求, 不是这里有问题, 就是那里有问题. 没办法, 只能凑合着用了. 看来有时间还是要自己动手, 弄个满足自己需要的.
试过的软件如下:
ExpanDrive_1.8.4: 版本太老, 不支持太新的服务器ExpanDrive_7.2.5: 商业软件, 功能很多, 大, 慢, 经常崩溃, 不支持比较文件WinSshFS_1.5.12.8: 不支持某些服务器, 原因不明SFTPDriveV2: 比较文件无法保存SftpNetDriveFree_3: 比较文件无法保存SSHFS-Win: 第三方资源管理器中无法双击进入文件夹
论文采风
学艺术和建筑的, 经常要外出采风和写生. 做科研的也同样需要, 只不过换成了阅读文献和查看问题. 阅读别人的论文其实就是采风, 而尝试解决别人提出的问题, 就是写生了.
复数变量数值微分方法
最近需要算一些复杂函数的导数, 解析的求导方法自然是可以的, 但太麻烦了, 也容易出错. 那就试试数值微分吧. 可常用的数值微分方法选择步长很成问题, 精度也不高. 就想起以前看过的一种方法, 复数变量数值微分方法. 这方法开始流行已经是很多年前了, 而提出的时间就更早了. 方法提出者之一还专门写了篇博客文章说明Complex Step Differentiation.
介绍性论文
- Using Complex Variables to Estimate Derivatives of Real Functions
- The complex-step derivative approximation
- The Complex-Step-Finite-Difference method
- The connection between the complex-step derivative approximation and algorithmic differentiation
- On the accuracy of the Complex-Step-Finite-Difference method
方法的推广
- Generalizations of the Complex-Step Derivative Approximation
- On the generalization of the Complex Step Method
问题写生
如何提问?
如何问问题也是需要学习的, 而且非常重要.
大部分人都不会问问题, 不愿深入思考自己的问题, 也不愿把它当作一个提高自己能力与素质的机会, 只是简单地要一个答案, 别人告诉了方法也不愿去学, 有时为了一个答案可谓八仙过海各显神通, 跪求也可, 花钱也可, 只要能成, 百无禁忌. 总起来, 一句话, 拒绝进步.
那些导师是怎么对待学生给出答案? 是不是他们也和学生一样, 只求一个答案, 才不管学生是怎么得到的? 这样的情形, 怕是不少吧.
网上有人给部分人讲点提问方式和对待他人帮助的看法, 其中有些我很赞同, 还有提问的智慧, 如何成为一名黑客, 虽是写给Linux用户和黑客的, 其他方面也很适用. 简单来说, 独立思考, 点滴进步, 融会贯通, 登堂入室.
博前博后
这里推送最新发布的招聘信息. 你可以看看有没有适合自己的位置, 或从中了解相关领域目前的研究项目.
- Open positions for postdoc or assistant professor in Computational Chemistry/Biology, Shenzhen Institutes of Advanced Technology (SIAT), Chinese Academy of Sciences (CAS)
- Postdoctoral Informatics Scientist – Algorithm Development, NIH/NCATS, Rockville, MD
- A postdoctoral position is available at the University of Duisburg-Essen
往期回顾
- 分子模拟周刊：第 9 期 脊梁
- 分子模拟周刊：第 8 期 收敛
- 分子模拟周刊：第 7 期 CCC!
- 分子模拟周刊：第 6 期 优化
- 分子模拟周刊：第 5 期 大脑
- 分子模拟周刊：第 4 期 平凡
- 分子模拟周刊：第 3 期 江城
- 分子模拟周刊：第 2 期 茧房
- 分子模拟周刊：第 1 期 登高
- 分子模拟周刊：第 0 期 缘起
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