- 2020-08-23 21:33:15
GROMACS分析程序给出的xpm文件虽然可以使用xpm2ps直接转换为eps图形文件, 但可定制性并不强, 着色效果也一般, 所以最好还是先将其转换为数据文件, 然后借助其他绘图程序来作图. 这种图一般称为填色图(colormap)或热图(heatmap). 大多数绘图程序都支持. 我一般是利用gnuplot来做这种图的, 因为批量处理的时候比较方便, 适合快速出图. 这里就做个示例, 顺便也对比下我整理的几种颜色颜色映射方案.
将xpm转换为对应的xyz数据文件, 可以使用我写的一个脚本xpm2all.bsh.
假定我们得到了一个xpm文件densmap.xpm, 先使用xpm2all.bsh将其转换为普通的xyz文件
bash xpm2all.bsh densmap.xpm -xyz这样就得到xyz文件densmap~.xyz.
gnuplot绘制热图有几种不同的做法, 具体可以参考官网示例. 我通常使用最简单的一种方法
plot "densmap~.xyz" u 1:2:3 w image t''这样就得到了最简单结果图. 可以调整一下各种绘图细节, 让图片更美观一些. 也可以选择自己喜欢的颜色映射方案. 我曾经整理过不少种常用的颜色映射方案, 所以就都绘制一遍, 顺便做个比较, 为将来选择做参考.
下图中共给出了20种颜色映射方案, 从最简单的rgb, jet到比较流行的parula, viridis. 一般不再建议使用彩虹方案, 虽然看起来可能更漂亮, 但容易让人对数据产生误解, 得到不正确的第一感觉. 至于到底哪个最好, 见仁见智了, 和科学无关.
