- 2025-04-18 09:48:49
我以前写过一个bash脚本dssp2gp, 用于绘制蛋白的二级结构演化, 脚本支持一个fancy选项, 可以绘制形象的二级结构示意图, 但较少用到. 最近想到, 可以将这个功能改造一下, 独立出来, 变成一个绘制蛋白序列和二级结构的工具, 因此也就有了ss2gp. 网上也有一些类似的工具, 但这个轮子我还是造了.
>>>>>>>>>>>>>>>> ss2gp <<<<<<<<<<<<<<<<
>>>>>>>>>>>>>>>> Jicun Li <<<<<<<<<<<<<<<<
>>>>>>>>>> 2025-04-18 09:31:14 <<<<<<<<<
Usage: ss2gp <FILE.dat> [-COLOR] [-dy <dy>]
Default: ss2gp ss.dat -pdb -dy 1
option: COLOR: gmx, vmd, pdb, rcsb, taylor, p1, p2, p3, p4
--------------------------------------------------------------------------------"
ss2gp脚本读入一个文本文件, 其中每行指定残基编号, 残基类型, 残基所属二级结构类型, 然后生成一个gnuplot的脚本, 绘制出形象的二级结构序列, 几种配色效果如下
工具还比较粗糙, 只能绘制二级结构, 后续可以考虑添加残基名称, 编号, 各种性质信息, 这样能提供更多信息.
当然, 这些信息使用可视化软件展示没有什么难度, 还可以互动, 但二维图也有其优势, 至少我觉得更适合放在论文中作为图片, 让人对结构有整体的印象.
