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GROMACS程序选项概述

除非指定了选项, 否则不会使用可选文件. 非可选文件与此不同, 当不指定选项时, 会使用默认的文件名.

所有GROMACS程序接受的文件选项都可以忽略扩展名或文件名. 在这种情况下, 将会使用默认的文件名. 可使用多种输入文件类型, 如通用结构格式时, 将会搜索目录下具有指定名称或默认名称的每种类型的文件. 若没有发现这样的文件, 或使用输出文件时, 将会使用第一种文件类型.

除mdrun, trjcat和eneconv外, 所有GROMACS程序都会坚持命令行选项是否合理. 如果不合理, 程序将会中断执行.

所有GROMACS程序都有4个隐藏的选项:


选项	类型	默认	说明
`-[no]hidden`	bool	`yes`	[隐藏] 打印隐藏选项
`-[no]quiet`	bool	`no`	[隐藏] 不打印帮助信息. 打印尽可能少的信息, 忽略所有参数输出
`-man`	enum	`html`	[隐藏] 将程序手册打印到指定文件并退出. 支持的文件格式: no, html, tex, nroff, java, ascii或completion
`-[no]debug`	bool	`no`	[隐藏] 将调试信息写入文件

枚举选项(enum)应使用选项说明中列出的变量之一, 变量可以缩略. 将会选择使用第一个与列表中最短变量匹配的变量.
向量选项可以使用1或3个参数. 当只提供一个参数时, 其他两个参数使用相同的值.
所有GROMACS程序都可以读取压缩的或gzip压缩的文件. 当读取压缩的.xtc, .trr和.trj文件时, 可以会有问题, 但这些文件无论如何也不能很好地进行压缩.
大多数GROMACS程序都可以处理原子数比输入运行文件或结构文件中的原子数少的轨迹, 但轨迹只能包含输入运行或结构文件中的头n个原子.

GROMACS各类程序(功能分类)

分析轨迹

gmx gangle - 计算角度(翻译: 杨宇) 原始文档
 gmx distance - 计算两个位置之间的距离(翻译: 姚闯) 原始文档
 gmx freevolume - 计算自由体积(翻译: 姜山) 原始文档
 gmx sasa - 计算溶剂可及表面积(翻译: 白艳艳) 原始文档
 gmx select - 打印选区的通用信息(翻译: 陈珂) 原始文档

创建拓扑与坐标文件

gmx editconf - 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups)(翻译: 严立京) 原始文档
 gmx protonate - 结构质子化(翻译: 杜星) 原始文档
 gmx x2top - 根据坐标生成原始拓扑文件(翻译: 阮洋) 原始文档
 gmx solvate - 体系溶剂化(翻译: 刘恒江) 原始文档
 gmx insert-molecules - 将分子插入已有空位(翻译: 刘恒江) 原始文档
 gmx genconf - 增加”随机”取向的构象(翻译: 李卫星) 原始文档
 gmx genion - 在能量有利位置加入单原子离子(翻译: 李继存) 原始文档
 gmx genrestr - 生成索引组的位置限制或距离限制(翻译: 廖华东) 原始文档
 gmx pdb2gmx - 将PDB坐标文件转换为拓扑文件和力场兼容的坐标文件(翻译: 冯佳伟) 原始文档

运行模拟

gmmx help - 打印帮助信息 gmx grompp- 生成运行输入文件(翻译: 杨旭云) 原始文档
 gmx mdrun - 执行模拟, 简正分析或能量最小化(翻译: 王浩博) 原始文档
 gmx convert-tpr - 生成修改的运行输出文件(翻译: 王卓亚) 原始文档

查看轨迹

gmx nmtraj - 根据本征向量生成虚拟振荡轨迹(翻译: 王卓亚) 原始文档
 gmx view - 在X-Windows终端显示轨迹(翻译: 杨旭云) 原始文档

处理能量

gmx enemat - 从能量文件中提取能量矩阵(翻译: 赵丙春) 原始文档
 gmx energy - 将能量写入xvg文件并显示平均值(翻译: 姚闯) 原始文档
 gmx mdrun - 利用-rerun选项(重新)计算轨迹中每帧的能量(翻译: 王浩博) 原始文档

转换文件

gmx editconf - 转换和操控结构文件(翻译: 严立京) 原始文档
 gmx eneconv - 转换能量文件(翻译: 李继存) 原始文档
 gmx sigeps - 将C6/12或C6/Cn组合转换为sigma/epsilon组合, 或反过来(翻译: 韩广超) 原始文档
 gmx trjcat - 连接轨迹文件(翻译: 李继存) 原始文档
 gmx trjconv - 转换和操控轨迹文件(翻译: 黄灏) 原始文档
 gmx xpm2ps - 将XPM(XPixelMap)矩阵转换为postscript或XPM(翻译: 黄丽红) 原始文档

各类工具

gmx analyze - 分析数据集(翻译: 李昊) 原始文档
 gmx dyndom - 结构旋转的内插和外推(翻译: 李耀) 原始文档
 gmx filter - 轨迹频率滤波, 用于制作平滑的动画(翻译: 李继存) 原始文档
 gmx lie - 根据线性组合估计自由能(翻译: 王燕) 原始文档
 gmx morph - 构象间的线性内插(翻译: 杨宇) 原始文档
 gmx pme_error - 根据给定的输入文件估计使用PME的误差(翻译: 张爱) 原始文档
 gmx sham - 根据直方图计算自由能或其他直方图(翻译: 李卫星) 原始文档
 gmx spatial - 计算空间分布函数(翻译: 刘建川) 原始文档
 gmx traj - 输出轨迹文件中的坐标x, 速度v, 力f, 盒子, 温度和转动能(翻译: 康文斌) 原始文档
 gmx tune_pme - 计算mdrun的运行时间与PME进程数的关系以优化设置(翻译: 嘉晔) 原始文档
 gmx wham - 伞形抽样后进行加权直方分析(翻译: 陈珂) 原始文档
 gmx check - 检查并比较文件(翻译: 冯佳伟) 原始文档
 gmx dump - 生成人类可读的二进制文件(翻译: 黄丽红) 原始文档
 gmx make_ndx - 制作索引文件(翻译: 刘恒江) 原始文档
 gmx mk_angndx - 生成用于gmx angle的索引文件(翻译: 白艳艳) 原始文档
 gmx trjorder - 根据到参考组原子的距离对分子排序(翻译: 李培春) 原始文档
 gmx xpm2ps - 将XPM(XPixelMap)矩阵转换为postscript或XPM(翻译: 黄丽红) 原始文档

结构间的距离

gmx cluster - 对结构进行团簇分析(翻译: 姚闯) 原始文档
 gmx confrms - 叠合两个结构并计算RMSD(翻译: 李耀) 原始文档
 gmx rms - 计算与参考结构之间的RMSD及其矩阵(翻译: 王育伟) 原始文档
 gmx rmsf - 计算平均结构, 原子涨落, 温度因子(翻译: 杨旭云) 原始文档

结构中的距离随时间的变化

gmx mindist - 计算两组间的最小距离(翻译: 王燕) 原始文档
 gmx mdmat - 计算残基接触映射图(翻译: 陈辰) 原始文档
 gmx polystat - 计算聚合物的静态性质(翻译: 杜星) 原始文档
 gmx rmsdist - 计算-2, -3或-6次平均的原子对距离(翻译: 冯佳伟) 原始文档

分布性质随时间的变化

gmx gyrate - 计算蛋白质的回旋半径(翻译: 黄丽红) 原始文档
 gmx msd - 计算均方位移(翻译: 赵丙春) 原始文档
 gmx polystat - 计算聚合物的静态性质(翻译: 杜星) 原始文档
 gmx rdf - 计算径向分布函数(翻译: 严立京) 原始文档
 gmx rotacf - 计算分子的转动相关函数(翻译: 韩广超) 原始文档
 gmx rotmat - 计算叠合到参考结构的旋转矩阵(翻译: 李继存) 原始文档
 gmx sans - 计算小角中子散射谱(翻译: 李耀) 原始文档
 gmx saxs - 计算小角X射线散射谱(翻译: 李继存) 原始文档
 gmx traj - 输出轨迹文件中的坐标x, 速度v, 力f, 盒子, 温度和转动能(翻译: 康文斌) 原始文档
 gmx vanhove - 计算Van Hove位移及相关函数(翻译: 刘恒江) 原始文档

分析键合相互作用

gmx angle - 计算键角和二面角的分布及相关(翻译: 陈辰) 原始文档
 gmx mk_angndx - 生成用于gmx angle的索引文件(翻译: 白艳艳) 原始文档

结构性质

gmx anadock - 根据Autodock运行计算团簇结构(翻译: 白艳艳) 原始文档
 gmx bundle - 分析轴束, 例如螺旋(翻译: 王燕) 原始文档
 gmx clustsize - 计算原子团簇的尺寸分布(翻译: 康文斌) 原始文档
 gmx disre - 分析距离限制(翻译: 严立京) 原始文档
 gmx hbond - 计算分析氢键(翻译: 杨旭云) 原始文档
 gmx order - 计算碳末端每个原子的序参量(翻译: 张爱) 原始文档
 gmx principal - 计算一组原子的惯性主轴(翻译: 李继存) 原始文档
 gmx rdf - 计算径向分布函数(翻译: 严立京) 原始文档
 gmx saltbr - 计算盐桥(翻译: 罗健) 原始文档
 gmx sorient - 分析溶质周围的溶剂取向(翻译: 李继存) 原始文档
 gmx spol - 分析溶质周围溶剂的偶极取向及极化(翻译: 李继存) 原始文档

动力学性质

gmx bar - 利用Bennett接受比率方法计算自由能差的估计值(翻译: 陈珂) 原始文档
 gmx current - 计算介电常数和电流自相关函数(翻译: 刘恒江) 原始文档
 gmx dos - 分析态密度及相关性质(翻译: 韩广超) 原始文档
 gmx dyecoupl - 从轨迹中抽取染料动力学(翻译: 李继存) 原始文档
 gmx principal - 计算一组原子的惯性主轴(翻译: 李继存) 原始文档
 gmx tcaf - 计算液体的粘度(翻译: 肖慧芳) 原始文档
 gmx traj - 输出轨迹文件中的坐标x, 速度v, 力f, 盒子, 温度和转动能(翻译: 康文斌) 原始文档
 gmx vanhove - 计算Van Hove位移及相关函数(翻译: 刘恒江) 原始文档
 gmx velacc - 计算速度自相关函数(翻译: 刘建川) 原始文档

静电性质

gmx current - 计算介电常数和电流自相关函数(翻译: 刘恒江) 原始文档
 gmx dielectric - 计算频率相关的介电常数(翻译: 白艳艳)
gmx dipoles - 计算总偶极及其涨落(翻译: 曹锟) 原始文档
 gmx potential - 计算盒子内的静电势(翻译: 陈珂) 原始文档
 gmx spol - 分析溶质周围溶剂的偶极取向及极化(翻译: 李继存) 原始文档
 gmx genion - 在能量有利位置加入单原子离子(翻译: 李继存) 原始文档

蛋白质分析

gmx do_dssp - 指定二级结构并计算溶剂可及表面积(翻译: 杨旭云) 原始文档
 gmx chi - 计算chi和其他二面角的所有信息(翻译: 黄炎) 原始文档
 gmx helix - 计算α螺旋结构的基本性质(翻译: 李卫星) 原始文档
 gmx helixorient - 计算螺旋内的局部螺距/弯曲/旋转/取向(翻译: 陈辰) 原始文档
 gmx rama - 计算Ramachandran图(翻译: 杜星) 原始文档
 gmx wheel - 绘制螺旋轮图(翻译: 李继存) 原始文档

界面

gmx bundle - 分析轴束, 例如螺旋(翻译: 王燕) 原始文档
 gmx density - 计算体系的密度(翻译: 阮洋) 原始文档
 gmx densmap - 计算二维的平面或轴径向密度映射图(翻译: 姚闯) 原始文档
 gmx densorder - 计算表面涨落(翻译: 李卫星) 原始文档
 gmx h2order - 计算水分子的取向(翻译: 嘉晔, 严立京) 原始文档
 gmx hydorder - 计算给定原子周围的四面体参数(翻译: 王浩博) 原始文档
 gmx order - 计算碳末端每个原子的序参量(翻译: 张爱) 原始文档
 gmx potential - 计算盒子内的静电势(翻译: 陈珂) 原始文档

协方差分析

gmx anaeig - 分析简正模式(翻译: 李继存) 原始文档
 gmx covar - 计算并对角化协方差矩阵(翻译: 王浩博) 原始文档
 gmx make_edi - 生成主成分动力学抽样的输入文件(翻译: 严立京) 原始文档

简正模式

gmx anaeig - 分析简正模式(翻译: 李继存) 原始文档
 gmx nmeig - 对角化简正模式分析的Hessian矩阵(翻译: 杨旭云) 原始文档
 gmx nmtraj - 根据本征向量生成虚拟振荡轨迹(翻译: 王卓亚) 原始文档
 gmx nmens - 根据简正模式生成结构系综(翻译: 杨宇) 原始文档
 gmx grompp- 生成运行输入文件(翻译: 杨旭云) 原始文档
 gmx mdrun - 搜索势能最低点, 计算Hessian矩阵(翻译: 王浩博) 原始文档

GROMACS程序文档