datediedoedreneepsg96groitplogm2pmapmdpmtxndxoutpdbrtptextngtoptpatpbtprtrjtrrxpmxtcxvg
dat
- 通用, 用作输入文件更好 原始文档
edi
- 关键动力学约束输入, 用于
gmx mdrun原始文档
edo
- 关键动力学约束输出, 用于
gmx mdrun原始文档
edr
- 能量, 温度, 压力, 盒子尺寸, 密度和维里(二进制, 可移植) 原始文档
系统能量文件, 记录模拟输入文件中定义的能量组的各种相互作用能量等.
ene
- 能量, 温度, 压力, 盒子尺寸, 密度和维里(二进制) 原始文档
eps
- 封装Postscript 原始文档
封装ps文件格式, 并不是GROMACS自身文件格式, 可以当图片打开. LINUX系统下一般已经有默认打开程序, WINDOWS下要安装其他打开程序. GROMACS的DSSP和罗麽占陀罗图等通过xpm2ps处理后都是这个文件格式.
g96
- GROMOS–96格式, 只含坐标x(文本, 固定高精度) 原始文档
分子坐标文件. GROMOS96程序的分子坐标文件, 模拟程序以15.9的C语言格式写入, 精度较高, 但是会比较大. 包含有文件头, 时间步, 原子坐标, 原子速度, 以及盒子信息等.
gro
- GROMACS格式, 坐标x和速度v(文本, 任意精度)原始文档
分子坐标文件. GROMACS最主要的分子坐标文件, 只记录原子坐标和速. 该文件类型的各个文本列字数固定, C语言的写入格式为:
"%5d%5s%5s%5d%8.3f%8.3f%8.3f%8.4f%8.4f%8.4f"
具体固定文本列有:
- 残基序号, 5位
- 残基名称, 5位
- 原子名称, 5位
- 原子序号, 5位
- 原子坐标, 三列, X, Y, Z坐标各8位, 含3个小数位
- 原子速度, 同坐标, 速度单位为nm/ps(km/s)
itp
- 包含拓扑(文本) 原始文档
分子拓扑文件, 被主拓扑文件包含的分子拓扑文件, 一般包含某个特定的分子类型. 与主拓扑文件的区别在于它不引用其他力场文件, 同时包含[ system ], [ molecule ]等拓扑段.
log
- 日志文件 原始文档
m2p
- 用作
gmx xpm2ps的输入文件 原始文档
xpm2ps程序的配置文件, 定义输出eps文件中颜色, 字体种类及大小等.
map
- 颜色映射输入, 用于
gmx do_dssp原始文档
mdp
- 运行参数文件, 用作
gmx grompp与gmx convert-tpr的输入文件 原始文档
GROMACS模拟的配置文件, 所含定义较多, 各关键字的含义可以查阅GROMACS手册, 以明白各关键字的含义.
mtx
- 二进制矩阵数据 原始文档
ndx
- 索引文件 原始文档
原子索引文件, 含原子的序号, 当使用make_ndx程序生成索引文件时, 可以定义不同的原子组, 每组名下即是该组所含各个原子的序号.
out
- 通用, 更宜用作输出 原始文档
pdb
- 蛋白质数据库格式, 只含坐标x(文本, 降低精度) 原始文档
rtp
- 残基拓扑(文本) 原始文档
残基力场参数文件, 包含常见残基的力场信息, 包括残基所含原子, 成键种类等. 使用pdb2gmx处理PDB文件时, 程序按照PDB文件信息, 在rtp文件中寻找对应的残基力场信息.
tex
- LaTeX输入 原始文档
tng
- 任意类型数据(压缩, 可移植, 任意精度) 原始文档
top
- 体系拓扑(文本) 原始文档
模拟体系的拓扑文件, 一般还会引用其他力场文件(#include). top文件一般由pdb2gmx产生.
tpa
- 体系拓扑, 参数, 坐标与速度(文本) 原始文档
tpb
- 体系拓扑, 参数, 坐标与速度(二进制) 原始文档
tpr
- 体系拓扑, 参数, 坐标与速度(二进制, 可移植) 原始文档
模拟打包文件, 打包模拟需要的各种信息, 包括模拟体系, 模拟控制等.
trj
- 坐标x, 速度v和力f(二进制, 全精度) 原始文档
全精度轨迹文件, 包含模拟体系各个时间下的原子坐标, 速度和受力等. 所含帧数频率由mdp文件控制, 文件较大.
trr
- 坐标x, 速度v和力f(二进制, 全精度, 可移植) 原始文档
xpm
- 文本矩阵数据, 使用
gmx xpm2ps来转换为eps原始文档
数据矩阵文件, 矩阵中每个值为矩阵点所表示的物理量大小(也可以是逻辑值). 该文件其实就是二维图, 可以使用xpm2ps转换为图片.
xtc
- 只含坐标x(压缩, 可移植, 任意精度) 原始文档
模拟轨迹低精度文件, 文件较trr和trj小, 为常用的分析文件. 包含模拟体系中原子坐标, 模拟时间和模拟盒子信息等.
xvg
- xvgr输入 原始文档
二维图表文件. 二维画图工具xmgrace的默认文件, 可以使用xmgrace打开.
