GAMESS2013编译使用简记|Jerkwin

2014-02-23 21:14:14 初稿

2014-03-08 12:09:09 修订

编译

解压 tar -xzvf gamess-current.tar.gz
环境配置 ./config
1. 目标平台: 利用uname -a可知, 一般为linux64
2. 源码路径: 当前路径
3. 安装路径: 当前路径, 也可使用其他, 如./bin
4. 版本号: 用作不同版本标识, 默认00
5. FORTRAN编译器: 根据系统选择. 若使用ifort, 须选择版本
6. 数学库: 若使用ifort, 则选MKL, 并指定路径如/share/apps/intel/composer_xe_2013.2.146/composer_xe_2013.2.146/mkl.
  若该路径下不存在多个版本MKL, 下一步直接skip
7. 激活代码编译: 编译actvte.f, 成功, 此程序用于后面编译前源代码的处理
  ifort -o /home/jicun/GMS/tools/actvte.x actvte.f
8. 网络设置: 并行, 选择mpi
9. mpi库: 若使用ifort, 可用impi, 并设定路径如/share/apps/intel/impi/4.1.0.030
10. 使用LIBCCHEM加速MP2和CCSD(T)与否, 须GPU支持. 一般不使用
配置成功, 会在安装路径内产生install.info和Makefile两个文件, 并提示参看./machines/readme.unix

实际上, config脚本只适合用于第一次配置环境, 得到install.info和Makefile后, 若想更改设置再次编译, 直接编辑已有的install.info和Makefile即可. 下面是两个文件的内容

install.info(GMS_MKL_VERNO为12不影响链接时使用MKL 13.0)
```
# Language: bash
 #!/bin/csh
 #   compilation configuration for GAMESS
 #   generated on compute1131
 #   generated at Sat Mar  8 12:22:27 CST 2014
 setenv GMS_PATH            /home/jicun/GMS
 setenv GMS_BUILD_DIR       /home/jicun/GMS
 #         machine type
 setenv GMS_TARGET          linux64
 #         FORTRAN compiler setup
 setenv GMS_FORTRAN         ifort
 setenv GMS_IFORT_VERNO     13
 #         mathematical library setup
 setenv GMS_MATHLIB         mkl
 setenv GMS_MATHLIB_PATH    /share/apps/intel/composer_xe_2013.2.146/composer\_xe\_2013.2.146/mkl/lib/intel64
 setenv GMS_MKL_VERNO       12
 #         parallel message passing model setup
 setenv GMS_DDI_COMM        mpi
 setenv GMS_MPI_LIB         impi
 setenv GMS_MPI_PATH        /share/apps/intel/impi/4.1.0.030
 #         LIBCCHEM CPU/GPU code interface
 setenv GMS_LIBCCHEM        false
 
```
若使用sockets, 最后几行改为
```
# Language: bash
 #         parallel message passing model setup
 setenv GMS_DDI_COMM        sockets
 
```
Makefile
```
# Language: bash
 GMS_PATH = /home/jicun/GMS
 GMS_VERSION = 00
 GMS_BUILD_PATH = /home/jicun/GMS
 include $(GMS_PATH)/Makefile.in
 
```
编译 ./compall >& compall.log. 请耐心.
ifort的编译选项, 可在comp文件1870行修改,
可增加-xHost -axAVX -opt_report -static
优化默认为-O2, 也可使用-O3 -fast, 但须测试
编译ddi库: cd ddi; ./compddi
链接 ./lked GAMESS 00 >& lked.log
静态链接, 可在1393行增加-static-intel
使用-static可能会选项-lrt冲突, 从而导致链接失败

使用

rungms File.inp #version Ncpu PPN

脚本中需要修改的地方

62-65: 设定mpi和路径
95: 若使用的PBS系统不能自动创建以作业号为名的文件夹, 须修改为
```
# Language: bash
  set SCR=$SCR/$PBS_JOBID
  mkdir -p $SCR
  
```
828: 设定mpiexec路径
843: 此行以后, 清除运行过程中产生的中间文件, 可惜同时也会把输出文件清除, 可添加exit语句, 保留所有中间文件, 自行处理.

实际上, rungms脚本为照顾不同系统使用, 添加了很多与系统相关的代码, 若只在特定系统下运行, 可将其他系统相关的代码删除.

IMPI并行时可能的问题

open_hca: device mlx4_0 not found Unwanted output
计算完成后, 最终输出显示

gamess.00.x: dapl/common/dapl_evd_util.c:1187: dapli_evd_cqe_to_event:

Assertion !"Invalid Operation type"' failed.

同时dump一个很大的core.xxx. 原因未明. 可能与IMPI库有关. 可利用ulimit -c 0关闭吐核.
undefined references when compiling with -fast on Intel MPI
rungms脚本中, Nproc = Nmpi = 2 Ncpu = 2 Ncore, 源于GMS运行两个进程, 一个计算, 另一个做data serve
GMS使用内存计算方法: MEM(GB/CPU) = [MW + DDI/Ncpu]/128