gmx_MMPBSA脚本更新:处理不连续索引

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我的gmx_MMPBSA.bsh脚本还有人在用, 也有人发现问题, 我也还能挤出点时间, 所以就更新了一下.

长话短说吧, 以前的脚本在预处理轨迹时使用了原始的索引文件和tpr文件, 所以必须要求轨迹以及拓扑中的蛋白pro和配体lig是连续出现的, 且原子编号必须从1开始, 这样整个复合物的索引编号才是从1开始连续的编号. 换句话说, 轨迹和拓扑中分子的出现顺序必须是这样: pro liglig pro. 任何其他的方式, 如A pro lig, pro A lig这种, 那预处理轨迹的时候就会出错, 导致无法进行后续计算.

当然, 清楚了问题的原因, 那解决方法也不少. 比如, 可以根据需要抽取需要的轨迹, 并重新调整拓扑中的分子顺序生成新的tpr, 使用它们进行计算. 或者, 也可以自己预处理好轨迹, 直接从第3步开始计算. 但这都有点麻烦, 所以我就在脚本中加了一段处理索引文件和tpr文件的代码, 去除了分子排列顺序的限制. 现在, 无论蛋白, 配体在轨迹和拓扑中的出现顺序如何, 脚本理论上都应该能够正确处理. 当然, 也不排除会引入新的问题. 谁知道呢?

故此, 建议你下载使用最新版本, 如果发现问题, 再说.

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