dssp数据绘图脚本dssp2gp

类别:    标签: gmx gnuplot   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

蛋白二级结构随时间的演化可用于表征蛋白折叠是否稳定. GROMACS 2023用于计算蛋白二级结构的工具为dssp. 这个工具内置了计算二级结构的代码, 无须再借助外部工具, 并且使用了新版本DSSP算法, 可以识别PPII螺旋. 为此, GROMACS 2019中的do_dssp工具已经废弃.

由于这个工具是新增的, 功能还不完善, 有些do_dssp具有的功能尚未实现. 工具目前只能给出二级结构的数据, 而无法直接给出以前的xpm图. 所以我们需要借助其他程序或脚本来绘制二级结构演化图.

我以前写过一个脚本xpm2all, 可以将xpm二级结构数据转换为gnuplot绘图脚本, 但它没有办法直接处理dssp的输出数据. 为此, 我修改了一下原脚本, 使支持直接读取dssp所给的数据文件, 并转换为gnuplot绘图脚本. 此外, 还更新了一下绘制模式, 加了几种颜色方案. 由于改动较大, 我将其从xpm2all中抽离出来, 成为单独的一个工具, 称为dssp2gp, 与xpm2all并列放在一起.

选项

>>>>>>>>>>>>>>>>     dssp2gp    <<<<<<<<<<<<<<<<
>>>>>>>>>>>>>>>>    Jicun Li    <<<<<<<<<<<<<<<<
>>>>>>>>>>     2024-01-11 23:12:11     <<<<<<<<<
Usage:   dssp2gp <file.dat|file.xpm> [-DRAW] [-COLOR] [RANGE]
									 [-t0 t0] [-dt dt] [-tu tu]
Default: dssp2gp  dssp.dat -xyz -pdb 1:1E9:1 -t0 0 -dt 1 -tu ps
option:  DRAW:
			 -xyz:   xyz data
			 -box:   plain box
			 -fancy: fancy helix and beta sheet
		 COLOR: gmx, vmd, pdb, rcsb, taylor, p1, p2, p3, p4
		 RANGE: [minRes:maxRes:ystart]
				minRes: start from #residue
				maxRes: end   with #residue
				ystart: y value of minRes
		 -t0: starting time
		 -dt: timestep
		 -tu: unit of time, fs, ps, ns
--------------------------------------------------------------------------------"

设想有个蛋白共100残基:

结果

几种不同的颜色方案的对比

-fancy绘制模式只适用于少量关键蛋白的二级结构分析, 因为数目过多时无法区分.

二级结构含量

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