scripts/programs/utilities/tools for GROMACS
This is a collection of the tools I used for GROMACS. Hope it helps for you as well.
If you use one/some of the tools for your publication(s), I will appreciate if you cite the Zenodo DOI 10.5281/zenodo.6408973
| 名称 NAME | 说明 INSTRUCTION | 代码 CODE | 示例 EXAMPLE |
|---|---|---|---|
calc |
在线计算兼单位换算器 | calc gnuECharts |
|
wvmd |
自动调整VMD窗口的位置和大小 | wvmd.zip | |
graphene |
石墨烯：建模, 几何性质及力场模拟 石墨烯在线创建工具 创建周期性体系的拓扑文件：以石墨烯为例 氧化石墨烯的结构与建模 石墨烯平面的卷曲与扭曲 |
graphene | |
pipistack |
Pi-Pi堆积距离和堆积角度的计算 | pipistack.tcl pipistack_linalg.tcl |
ph2.zip |
xpm2all |
xpm文件处理脚本 xpm2all: xpm文件转换工具 |
xpm2all.bsh xpm2rgb.bat |
ss.xpm gibbs.xpm |
dssp2gp |
使用xpm2all脚本计算蛋白二级结构演化及含量 xpm2all更新：二级结构绘制, 颜色方案 dssp数据绘图脚本dssp2gp |
dssp2gp.bsh | dssp.dat |
gmx_mmpbsa |
gmx_mmpbsa使用说明 gmx_mmpbsa脚本更新：屏蔽效应与熵贡献 gmx_mmpbsa脚本更新：清理整理输出 gmx_mmpbsa更新：修正原子半径bug, 改用AMBRR PB4, 丙氨酸扫描CAS |
gmx_mmpbsa.bsh | 1ebz.zip |
gmx_ir |
使用GROMACS计算红外光谱 trr轨迹转换程序trr2all |
gmx_ir.bsh | |
trr2all |
使用GROMACS计算红外光谱 trr轨迹转换程序trr2all |
trr2all.exe | spc216.zip |
gmx_hbdat |
GROMACS氢键分析工具hbond的使用及扩展 使用gnuplot绘制氢键数据的平行轴图 |
gmx_hbdat.bsh | hbdat_1crn.zip |
remd_tgenerator |
副本交换动力学T-REMD模拟的温度分布计算器 | remd_tgenerator | |
xff |
力场拟合工具xff开发杂记 | xff | c6h6.fchk sf6.FChk |
cagen |
水溶液体系成笼分析程序cagen | cagen.zip | |
fitmol |
README | FitMol.f90 | ch4.xyz ch4_ch3oh.xyz |
matchmol |
分子结构匹配程序matchmol | matchmol.zip |